MAGYAR ONKOLÓGIAVol 60, No. 4, 2016

 Áttekintés

A világháló nyújtotta elemző eszközök az emlő rosszindulatú daganatainak vizsgálatában

Nagy Ádám1, Győrffy Balázs2

1Lendület Onkológiai Biomarker Kutatócsoport, MTA TTK, Budapest
2II. Sz. Gyermekklinika, Semmelweis Egyetem, Budapest

Az internet az emlő rosszindulatú daganatainak vizsgálatában alkalmazható eszközök egy új generációját hozta el az elmúlt évtized folyamán. Ezek között a legnagyobb csoportban levő programok a várható túlélés, illetve a terápiás válasz előrejelzését klinikai adatok alapján végzik el. Ide tartozik az Adjuvant! Online, az MSKCC és az MD Anderson nomogramjai, valamint az angliai PREDICT honlapja. Ezek mindegyikében közös, hogy a beteg megadott paraméterei alapján kikeresi, hogy mi történt a beteghez hasonló betegekkel korábban. Új diagnosztikus biomarkerek azonosításának forrása lehet génexpresszió vagy mutáció – meglevő, teljesgenom-szintű adatokat tartalmazó adatbázisok kiaknázásán alapszik az egyes gének vagy génmintázatok prognosztikus értékét számoló KMplot.com. Az adott gének mutációs adatai és a várható túlélés közötti kapcsolatot lehet a cBioportalban, illetve a G-2-O-ban vizsgálni. Géncsipekkel lemért genomszintű génexpressziós adatok alapján ad diagnózist a RecurrenceOnline program. Az emlőtumor kialakulásának valószínűségét egy poligénes modell alapján, klinikai adatok felhasználásával becsüli meg a BOADICEA. Az emlőtumorok vizsgálatával foglalkozó onkológusok, patológusok, valamint kutatók számára készült összefoglaló közleményünkben ezen, valamint további elemző rendszerek célját, alkalmazási területeit és a rendszerek mögötti adatbázisokat foglaljuk össze. Magyar Onkológia, Vol 60, Nr. 4, 273-280, 2016

Kulcsszavak: emlőtumor; biomarker; prognózis; génexpresszió; mutáció

Internet-based opportunities in breast cancer diagnostics and research. A new generation of internet-based diagnostic and research tools have arrived in the last decade. The most extensive group of these includes programs predicting the expected survival mainly by utilizing clinical data of the patient. This includes Adjuvant! Online, the MSKCC and MD Anderson nomograms and the UK-based PREDICT algorithm. A common feature of all these is the comparison of the given patient to previously treated breast cancer samples, and evaluating the clinical outcome of these previous patients. New diagnostic biomarkers can be gene expression or mutation based. Of these, large transcriptomic databases lay the basis for the KMplot.com analysis platform which is capable to assess the prognostic value of a selected gene or gene set. The link between a given mutation and survival is the focus of the cBioportal and the G-2-O software. Diagnosis is based on a transcriptome-level data derived using gene chips in the RecurrenceOnline algorithm. A risk of breast cancer development is assessed by a polygenic model in BOADICEA. In our review we target oncologists, pathologists and breast cancer researchers and provide a comprehensive summary of these and other analysis platforms. Hungarian Oncology, Vol 60, Nr. 4, 273-280, 2016

Keywords: breast cancer; biomarker; prognosis; gene expression; mutation


Beküldve: 2015. november 20.; elfogadva: 2015. december 18.
Elérhetőség: Nagy Ádám, Lendület Onkológiai Biomarker Kutatócsoport, MTA TTK, 1117 Budapest Magyar Tudósok körútja 2.; Tel: +36 1 382 6745; E-mail: nagy.adam@ttk.mta.hu

Kattintson ide a teljes (PDF) változat letöltése végett!
ad